Leonardo, Donatello, Michelangelo und Raphael haben jahrelang in Abgeschiedenheit von der menschlichen Welt in New York gelebt. Warum? Die vier sind mutierte Schildkröten, die in der Kanalisation von ihrem Meister Splinterunterrichtet und großgezogen wurden. Aber eigentlich wollen sie nur als normale Teenager akzeptiert werden. Mit heldenhaften Taten wollen sie die Herzen der New Yorker nun für sich gewinnen. Ihre neue Freundin, die Journalistin April O´Neil, hilft ihnen bei der Bekämpfung eines mysteriösen Verbrechersyndikats. Als den Teenage Mutant Ninja Turtles bald darauf eine Armee von Mutanten auf den Hals gehetzt wird, wächst ihnen die Situation über den Kopf.
