Etwa 300 Jahre nach den Ereignissen aus dem Vorgänger haben sich in der Oase, in die Caesar seine Artgenossen einst geführt hat, mehrere Affengesellschaften parallel entwickelt. Die Menschen hingegen sind wieder Wilde geworden. Einige der Affenclans haben noch nie etwas von Caesar gehört. Andere wiederum nutzen dessen Legendenstatus aus, um seine Lehren zugunsten ehrgeiziger Ziele zu verdrehen. Vor diesem Hintergrund versklavt der Affenanführer Proximus Caesar andere Clans, um eine geheime, menschliche Technologie zu finden. Als der Schimpanse Noa mitansehen muss, wie seine Sippe entführt wird, begibt er sich zusammen mit dem menschlichen Mädchen Mae auf die Suche, um seine verschleppten Artgenossen zu finden und zu befreien.
